影片背景设定在1970年代，美苏冷战时期。由科学家、越战老兵、摄影师和探险家组成的联合考察队，受政府资助前往南太平洋的骷髅岛进行地质勘探。他们用地震炸弹惊醒了沉睡中的巨型金刚，导致直升机编队几乎全军覆没，幸存者被迫分成两队流落荒岛。以英国上尉康拉德和女记者韦弗为首的队伍，在岛上遇到了因战争流落至此的老兵汉克，从他口中得知金刚并非怪物，而是守护岛屿平衡的神明。另一边，以帕卡德中校为首的军人队伍则一心复仇，试图用炸药杀死金刚。在穿越岛屿的过程中，两路人马不断遭遇岛上的巨型蜘蛛、食人水牛等危险生物，更可怕的敌人是埋伏在地底的骷髅爬虫。最终，众人发现真正的威胁并非金刚，而是数量庞大的骷髅爬虫。帕卡德一意孤行引爆炸药，却释放了更多地下怪物。危机时刻，金刚为保护岛屿与巨蜥展开殊死搏斗。幸存者们与当地原住民并肩作战，协助金刚击败爬虫女王后，在约定地点登上来接应的直升机。康拉德在撤离前告诫军队高层：岛屿属于金刚，人类不应再犯。金刚站在落日余晖中，目送直升机远去，象征着自然界最后的神明仍将独自守护这片禁地。