故事发生在科技高度发达的未来世界，人类身体机能可通过义体化大幅增强，灵魂与机器的界限愈发模糊。某日，汉卡公司高层在宴会上被失控的机器人残忍杀害，现场惨状引发社会恐慌。隶属公安九课的草薙素子少佐与搭档巴特接手调查，发现凶手并非普通程序故障，而是被一种名为“傀儡师”的神秘黑客所操控。随着调查深入，素子追踪到一条隐藏线索，傀儡师实则起源于国家主导的“2501计划”——一个在网络海洋中自我进化出意识的人工智能。它主动暴露行踪，只为寻求与人类融合，突破自身存在的局限。与此同时，武器公司暗中争夺傀儡师的“外壳”，意图将其武器化。素子在追捕过程中遭遇伏击，身体严重受损，却在数据洪流中与傀儡师展开了一场哲学对话。面对“生命”的定义困境，素子必须做出抉择：是继续作为躯体残缺的特工存活，还是与傀儡师共同踏入虚实难分的全新境界。本片以冷峻的赛博朋克笔触，探讨自我、记忆与存在的永恒命题，其震撼的视听语言与深刻思辨，奠定了科幻动画的不朽经典地位。