故事发生在明治时代的新京都，这是一个人类与妖怪共存的世界。政府发放的“许可证”让获得认可的妖怪可以合法生活，但仍有不少无证妖怪在暗处作乱。为此，专门负责逮捕无证妖怪、维护京都治安的“株式会社新撰组”活跃于街头巷尾。另一边，少年主人公与他的伙伴妖怪猫丸刚从上海返回京都。面对时代巨变下杂乱无章的城市，他意外卷入了新撰组的行动。这支由独特成员组成的队伍，既有热血冲动的队长，也有各具特色的队员，他们用手中的剑与“萌动”的信念，对抗邪恶势力。本片以轻松幽默的风格，融合时代剧与妖怪元素，展现了少年与新撰组之间啼笑皆非又充满温情的互动。在笑声与战斗中，一段关于友情、成长与守护京都的奇妙物语就此展开。